1942年4月、ドイツの潜水艦Uボートは北大西洋上で連合軍の輸送船1000隻以上を撃沈。連合軍はUボートの新暗号システム「エニグマ」を解読できずに、不利な戦いを強いられていた・・・。48時間の休暇を楽しんでいた巡洋潜水艦S−33の乗組員たちは突然、緊急召集される。戦局を左右する重要な指令が下ったのだ。その指令とは大西洋上で故障し停泊しているUボートのU−571を奇襲し、「エニグマ」を奪うというものだった。