西尾維新、暁月あきら原作による学園アニメの第2期シリーズ第2巻。目安箱からあふれる投書の数々は、すべて“十三組”絡みの内容だった。フラスコ計画は雲仙の負傷により、大きく動き始める。めだかと善吉は時計台へと向かうが…。第3話と第4話を収録。

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